У Gradle куча разных кэшей и, увы, изредка может получится так, что в них будет записано некорректное состояние. Если есть подозрения, что это действительно так, можно попробовать перезапустить билд…

  1. с флагом --rerun-tasks
  2. с --no-configuration-cache
  3. с --no-build-cache
  4. после clean
  5. с чистой домашней папкой Gradle: --gradle-user-home ./gradle_home
  6. после убийства всех демонов Gradle (по идее то же самое что и выше, но стоит попробовать)
  7. после рестарта IDE, если вызываете билд из нее.

Если вышеперечисленное не помогло, то скорее всего проблема где-то в билд-логике и/или окружении.