Как-то совсем мимо меня прошла полезная настройка, которая была даже в первой версии эластика. index.auto_expand_replicas со значением 1-all позволит иметь по реплике индекса на всех узлах кластера, что очень удобно для небольших вспомогательных индексов (настройки, пользователи и т.п.).